การไล่ระดับสี gel electrophoresis ( DGGE) เป็นเทคนิคการพิมพ์ลายนิ้วมือของจุลินทรีย์ที่แยกแอมพลิฟายเออร์ที่มีขนาดใกล้เคียงกันโดยอาศัยคุณสมบัติการเรียงต่อกัน (รูปที่ 2) คุณสมบัติเหล่านี้กำหนดขีด จำกัด ที่ DNA กำหนดค่า DGGE เจลใช้การไล่ระดับสี DNA denaturant (ส่วนผสมของยูเรียและ formamide) หรืออุณหภูมิลาดเชิงเส้น เมื่อชิ้นส่วนถึงจุดหลอมเหลว (ขีด จำกัด ของสารที่ไม่อิ่มตัวเพียงพอ) ชิ้นส่วนนั้นจะหยุดเคลื่อนที่ นี่เป็นเพราะความจริงที่ว่า DNA ที่มีเกลียวสองเส้นที่ละลายแล้วบางส่วนไม่สามารถเคลื่อนย้ายผ่านเจลได้อีก ตัวหนีบ GC (ประมาณ 40 ฐานที่มีเนื้อหา GC สูง) ใช้เป็นสีรองพื้นพิเศษเพื่อยึด PCR ชิ้นส่วนเข้าด้วยกันเมื่อพวกมันถูกทำให้แตก
เอาต์พุตและการตีความข้อมูล
แต่ละเลนบนเจลแสดงถึงชุมชนจุลินทรีย์หนึ่งชุมชน แถบที่ใช้ร่วมกันระหว่างกลุ่มตัวอย่างมีขนาดเท่ากันและอยู่ในตำแหน่งเดียวกันบนเจล สายพันธุ์ของยีนที่ไม่ได้ใช้ร่วมกันระหว่างกลุ่มตัวอย่างจุลินทรีย์จะไม่จับคู่ในแนวนอนกับตัวอื่น ดังตัวอย่างโดยถ้ายีนที่สนใจคือ 16S rRNA เหมือนตอนที่อธิบายเทคนิคครั้งแรกชิ้นส่วนที่ขยายด้วย PCR จะอยู่ในตำแหน่งแนวตั้งเดียวกันบนพื้นที่ที่มีขนาดเท่ากันโดยประมาณ ยีนวัตถุประสงค์อื่น ๆ อาจมีความยาวที่แตกต่างกันมากขึ้น แต่การไล่ระดับสีแบบเดนาตูแรนต์ใช้องค์ประกอบที่สอง (ของจุดหลอมเหลว) เพื่อเปิดเผยระหว่างตัวอย่าง DGGE เจลจะแยกยีนที่มีขนาดเดียวกันขึ้นอยู่กับฐานการเรียงต่อกัน
ภาพ 140A | รูปที่ 1. ขั้นตอนของการตรวจสอบTerminal limitation Fragment Length Polymorphism สำหรับชุมชนจุลินทรีย์เดี่ยวที่มี 3 phylotypes | Ilyanassa / CC BY-SA (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/legalcode) | Page URL : (https://en.wikipedia.org/wiki/File:Step-by-step_procedure_of_using_T-RFLP_analysis_in_microbiology.pdf) จากวิกิมีเดียคอมมอนส์
ผู้เขียน : Milos Pawlowski
ความคิดเห็น
แสดงความคิดเห็น