MNase-seq เป็นหนึ่งในสี่วิธีหลัก ๆ (DNase-seq, MNase-seq, FAIRE-seq และ ATAC-seq) สำหรับการกำหนดความสามารถในการเข้าถึงของโครมาตินได้โดยตรงมากขึ้นและผลที่ตามมาสำหรับรูปแบบการแสดงออกของยีน เทคนิคทั้งสี่แตกต่างกับ ChIP-seq ซึ่งอาศัยการอนุมานที่ว่าเครื่องหมายบางอย่างบนหาง histone บ่งบอกถึงการกระตุ้นหรือการ histone บีบอัดของยีนไม่ใช่การประเมินตำแหน่งนิวคลีโอโซมโดยตรง แต่มีค่าสำหรับการประเมินตัวปรับ histone บริการเอนไซม์
DNase-seq
เช่นเดียวกับ MNase-seq, DNase-seq ได้รับการพัฒนาโดยรวมที่มีอยู่ DNA endonuclease ด้วยเทคโนโลยีลำดับ Next-Generation เพื่อทดสอบโครการเข้าถึง เทคนิคทั้งสองได้ถูกนำมาใช้ในยูคาริโอตหลายชนิดเพื่อตรวจสอบข้อมูลเกี่ยวกับการวางตำแหน่งนิวคลีโอโซมในสิ่งมีชีวิตที่เกี่ยวข้องและทั้งสองใช้หลักการเดียวกันในการย่อยแบบเปิด DNA เพื่อแยกแถบ ~ 140bp ของ DNA ออกจากนิวคลีโอโซมหรือแถบที่สั้นกว่าหากตรวจสอบข้อมูลปัจจัยการคัดลอก. เมื่อเร็ว ๆ นี้เทคนิคทั้งสองได้รับการปรับให้เหมาะสมสำหรับการจัดลำดับเซลล์เดียวซึ่งแก้ไขข้อเสียที่สำคัญประการหนึ่งของทั้งสองเทคนิค นั่นคือความต้องการสำหรับการป้อนข้อมูลเซลล์สูง
ภาพ 218A | การใช้งานทางเทคนิคของ MNase ในการจัดลำดับ | Omerriya / CC BY-SA (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode) | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:MNASE_application.png) from Wikimedia Commons
ผู้เขียน : Milos Pawlowski
ความคิดเห็น
แสดงความคิดเห็น